Các hành vi vi phạm môi trường chủ yếu các phòng khám, cơ sở y tế là quản lý chất thải nước thải y tế nguy hại không đúng qui định theo cục cảnh sát môi trường. nhưng nhiều cơ sở y tế, phòng khám có hành vi vi phạm pháp luật bảo vệ môi trường vẫn còn tái diễn nhiều lần . Vấn đề chất thải của phòng khám, y tế vẫn lẫn trực tiếp với nước thải thông thường  diễn ra khá phổ biến ở các bệnh viện công lẫn cơ sở y tế tư nhân.


Ngoài ra, nhiều cơ sở quản lý chất thải y tế nguy hại không phân loại triệt để tại nguồn, để lẫn chất thải y tế nguy hại với các chất thải khác. Do đó, khi chuyển chất thải để tái chế thông thường, “vô hình chung” đã lẫn chất thải y tế nguy hại, gây hậu quả nghiêm trọng tới môi trường và sức khỏe người tiếp nhận, tái chế. Hiện nay, nhiều bệnh viện tuyến cơ sở chưa được trang bị lò đốt chất thải y tế, hoặc có lò đốt nhưng đã hư hỏng nên rác thải được chôn lấp, hoặc đốt thủ công gây ô nhiễm môi trường cũng là một trong những vi phạm phổ biến.


Theo Cục trưởng Quản lý môi trường y tế (Bộ Y tế), hiện có khoảng 54% các bệnh viện có hệ thống xử lý nước thải y tế. Trong đó, bệnh viện tuyến Trung ương chiếm 73%, tuyến tỉnh 60% và tuyến huyện 45%. Hiện nay, 95% bệnh viện thực hiện phân loại, thu gom chất thải rắn y tế nguy hại hàng ngày. Nguy hại hơn, tại một số cơ sở y tế còn xảy ra tình trạng nhân viên lợi dụng việc quản lý lỏng lẻo để trộm cắp, mang các chất thải y tế ra ngoài bán hoặc thải bỏ bừa bãi. Điển hình là vụ việc một cán bộ khoa giải phẫu, Đại học Y Hà Nội bị Phòng cảnh sát PC49 TP Hà Nội bắt quả tang khi chở 2 túi nilon đen, đựng 30kg nội tạng người vứt vào khu tập kết rác của Bệnh viện Giao thông vận tải. Tháng 4/2013, Cục Cảnh sát phòng chống tội phạm về môi trường cũng phát hiện một phòng khám đa khoa ở phía nam TP Hà Nội vứt chất thải y tế là thai nhi sau nạo hút vào bồn cầu và xả xuống bể phốt.


Đáng lo ngại hơn, riêng 6 tháng đầu năm 2014, Cục Cảnh sát phòng chống tội phạm về môi trường đã phát hiện, phối hợp với Thanh tra Bộ TN-MT và Sở TN-MT các tỉnh, thành phố xử lý hành chính hơn 60 vụ vi phạm về bảo vệ môi trường tại các cơ sở y tế. Điều này một lần nữa bộc lộ nhiều lỗ hổng trong quản lý rác thải y tế ở Việt Nam.


Theo đánh giá của các cơ quan chức năng, quản lý chất thải y tế chưa khi nào là một vấn đề... hết nóng, đặc biệt là các sai phạm vẫn diễn ra tràn lan cả cơ sở y tế công lẫn tư. Vậy nên theo nhiều chuyên gia, các cơ quan quản lý nhà nước cần xây dựng và ban hành chế tài xử lý nghiêm khắc, mạnh mẽ, đủ tính răn đe những cơ sở vi phạm. Cơ quan Bảo hiểm xã hội không chi trả tiền bảo hiểm y tế cho các cơ sở y tế nếu để vi phạm gây ô nhiễm môi trường, gây tổn hại cho bệnh nhân.


Bên cạnh đó, Bộ Y tế và Bộ TN-MT cũng cần tham mưu cho Chính phủ về cơ chế, chính sách đầu tư cho công tác bảo vệ môi trường y tế, đảm bảo 100% các cơ sở y tế công lập đều có hệ thống xử lý nước thải y tế đạt chuẩn, có quy trình thu gom, phân loại, vận chuyển và xử lý nước thải  chất thải y tế. Đối với các địa bàn vùng sâu, vùng xa không có đơn vị chức năng vận chuyển, xử lý nước thải y tế,  chất thải y tế nguy hại, cần đầu tư, nâng cấp, sửa chữa, bố trí kinh phí vận hành các lò đốt chất thải y tế. Ngoài ra, Bộ Y tế cần sớm ban hành văn bản quy phạm pháp luật quy định cụ thể về công tác bảo vệ môi trường trong lĩnh vực y tế, đặc biệt là công tác quản lý chất thải.